Huvudregeln för omprövning till nackdel på Skatteverkets initiativ är att Skatteverket ska meddela beslut inom två år från utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut (tvåårsfristen).
Ett beslut som är till nackdel för den som beslutet gäller ska meddelas inom två år från utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut (tvåårsfristen) (66 kap. 21 § SFL).
Förfarandet för omprövning till nackdel för den som beslutet gäller är uppdelat på två olika regelverk: det ordinära förfarandet och omprövning enligt bestämmelserna om efterbeskattning. Det ordinära förfarandet för omprövning till nackdel på Skatteverkets initiativ regleras i 66 kap. 21–24 §§ SFL.
Tvåårsfristen för omprövning till nackdel gäller både omprövning av det första beslutet (grundbeslutet) och omprövning av ett omprövningsbeslut till nackdel för den som beslutet gäller.
Skatteverket får inom tvåårsfristen ompröva sina beslut till nackdel på oförändrat utredningsmaterial (RÅ 1996 ref. 102). Det gäller även beslut om skattetillägg (HFD 2017 ref. 68). En omprövning till nackdel får inte ske vid obligatorisk omprövning med anledning av ett överklagande, men väl genom ett omprövningsbeslut på Skatteverkets eget initiativ (RÅ 2008 ref. 37). Om en omprövning till nackdel ska göras på oförändrat utredningsmaterial förutsätter det dock att det inte finns några uttryckliga begränsningar. Begränsande föreskrifter finns för omprövning till nackdel av beslut om ersättning för kostnader (66 kap. 25 § SFL) och omprövning till nackdel av beslut om debitering av preliminär skatt (66 kap. 26 § SFL). Bestämmelser om återkallelse av beslut innebär begränsningar i Skatteverkets möjligheter till omprövning till nackdel.
Skatteverket har för avsikt att fatta ett omprövningsbeslut om mervärdesskatt till nackdel avseende redovisningsperioden april-juni 2018 för ett företag som har räkenskapsår 1 maj–30 april. Redovisningsperioden april–juni 2018 rör två beskattningsår (1 maj 2017–30 april 2018 och 1 maj 2018–30 april 2019).
När beslutet gäller mervärdesskatt är beskattningsåret detsamma som räkenskapsåret. Företaget har tremånadersredovisning av mervärdesskatt och beslut om mervärdesskatt ska fattas för varje redovisningsperiod för sig.
Skatteverket anser att det som avgör till vilket beskattningsår en sådan redovisningsperiod som sträcker sig över två beskattningsår hör, är tidpunkten när redovisningsperioden avslutas, d.v.s. det senare av de två beskattningsåren. Eftersom redovisningsperioden april—juni 2018 avslutas under beskattningsåret 1 maj 2018—30 april 2019 tillhör perioden det året. Skatteverket kan således besluta om en ordinarie omprövning till nackdel för företaget ända fram till den 31 december 2021).
Om ett beslut om preliminär A-skatt har fattats och det senare uppstår behov av att justera skatteavdraget kan det ske genom att beslutet omprövas. Frågan hur stort skatteavdrag som ska göras förfaller dock vid beskattningsårets utgång. Efter den tidpunkten kan skatteavdraget inte ändras. Det innebär att det inte behövs någon särskild tidsfrist för omprövning till nackdel av beslut om preliminär skatt. Tvåårsfristen är tillämplig, men i praktiken kan någon omprövning inte ske efter beskattningsårets sista skatteavdrag (prop. 2010/11:165 s. 1107 f.).
Ett beslut anses inte meddelat förrän det har fått sin slutgiltiga form och har expedierats eller på annat sätt offentliggjorts (RÅ 2004 ref. 105). För att ett beslut ska anses meddelat inom tvåårsfristen krävs alltså att det har expedierats eller på annat sätt offentliggjorts inom två år från utgången av det kalenderår då beskattningsåret har gått ut.
Om beslutet på Skatteverkets initiativ till nackdel är meddelat senare, men under efterbeskattningsperioden, är det ett efterbeskattningsbeslut (RÅ 1998 not. 106). Detta gäller även om Skatteverket inte redogjort för grunden för efterbeskattning eller om det finns skäl för efterbeskattning. Skatteverket anser att ändring av bristfälligt motiverat beslut kan komma ifråga i det nya omprövningsbeslutet om den som beslutet gäller begär omprövning eller överklagar det beslutet (Skatteverkets ställningstagande om att omprövningsbeslut på initiativ av Skatteverket till nackdel efter ordinarie omprövningsfrist är efterbeskattningsbeslut). Om grunden för efterbeskattningen är att den som beslutet gäller har lämnat en oriktig uppgift ska den oriktiga uppgiften preciseras. Dessutom ska det aktuella lagrummet anges i beslutet (32 § första stycket FL). Motsvarande gäller i fråga om övriga efterbeskattningsgrunder.