Här beskrivs vad som gäller för avdragsrätt i vissa situationer för arbetsgivarorganisationer, ideella föreningar, elproducerande företag, vid myndighetsutövning och vid betalning från tredje man.
Arbetsgivare får vid inkomstbeskattningen inte avdrag för vissa avgifter till arbetsgivarorganisationer (16 kap. 13 § IL). Anledningen till förbudet är att en likformighet med vad som gäller för löntagare eftersträvats. Kostnaden kan dock inte anses rörelsefrämmande. Till den del avgiften är belagd med mervärdesskatt bör avdragsrätt för ingående skatt därför finnas enligt ML:s allmänna bestämmelser.
Högsta förvaltningsdomstolen har fastställt ett förhandsbesked som innebär att rätt till avdrag inte finns för ingående skatt på inköp som görs för myndighetsutövning. De leveranser av varor mot ersättning och tillhandahållande av tjänster mot ersättning, det var fråga om i förhandsbeskedet, var klart avskiljbara från den övriga verksamheten och var enligt nuvarande 4 kap. 4 § ML inte en ekonomisk verksamhet (RÅ 2003 not. 3).
En ideell förening kan bli skyldig att betala utgående skatt vid förvärv av tjänster från utlandet i vissa fall, även om verksamheten inte är ekonomisk enligt bestämmelserna i 4 kap. 6 § ML, 6 kap. 32 § ML och 16 kap. 9 § tredje punkten ML. Rätt till avdrag för motsvarande belopp som ingående skatt finns dock bara i de fall inköpet görs för en ekonomisk verksamhet som föreningen bedriver och där transaktionerna medför avdragsrätt enligt 13 kap. 6–12 §§ ML, RÅ 2007 ref. 57 och SRN 2009-03-30, dnr 2-08/I.
I en förening kan det förekomma flera verksamheter. Då kan det bli aktuellt att fördela den ingående skatten.
Skatterättsnämnden har uttalat att ett elproducerande företag har rätt till avdrag för den ingående skatt som gäller inköp för leverans av s.k. frikraft. Avdragsrätten gäller enligt Skatterättsnämnden oavsett om kraften är egenproducerad eller förvärvad från en utomstående leverantör (SRN 2004-06-24).
Om ett bidrag anses direkt kopplat till priset för en vara eller tjänst ska bidraget räknas in i beskattningsunderlaget för varan eller tjänsten. Om säljaren är betalningsskyldig för leveransen av varor mot ersättning eller tillhandahållandet av tjänster mot ersättning, ska mervärdesskatt beräknas på hela den ersättning som säljaren får från köparen och bidragsgivaren (tredje man). Hela mervärdesskatten ska debiteras köparen. Köparen har rätt till avdrag för hela mervärdesskatten som säljaren debiterat, om förutsättningarna för avdragsrätt är uppfyllda i övrigt. Köparens avdragsrätt påverkas alltså inte av att någon annan har betalat en del av mervärdesskatten. Bidragsgivaren (tredje man) har alltså inte rätt till något avdrag för den ingående skatten för köparens förvärv.