Här beskrivs vad som gäller för avdragsrätt för ingående skatt vid avslut eller ändring av en verksamhet.
Den ekonomiska verksamheten upphör när verksamheten läggs ner eller överlåts. När verksamheten upphör uppkommer normalt kostnader för den tidigare bedrivna verksamheten. Avdragsrätten för ingående skatt kvarstår till dess att verksamheten helt har avvecklats (jmf med C-32/03, I/S Fini H). Det ska då finnas ett direkt och omedelbart samband mellan kostnaderna och avvecklingen av den verksamhet där transaktionerna medfört avdragsrätt. Skatteverket anser däremot att avdragsrätt inte finns i den mån inköpen är hänförliga till från skatteplikt undantagna transaktioner eller för att påbörja en sådan verksamhet (Skatteverkets ställningstagande om rätt till avdrag för ingående skatt vid rivning av byggnad och oljesanering av mark).
Ett konkursbos kostnader för att avveckla gäldenärens verksamhet kan normalt räknas som allmänna omkostnader för denna verksamhet, eftersom konkursboet träder i gäldenärens ställe. Detta gäller även om kostnaderna avser åtgärder som enbart blir aktuella när verksamheten avvecklas i en konkurssituation, exempelvis konkursbouppteckning och edgångssammanträde. Gäller konkursförvaltarens arvode åtgärder i samband med avveckling av verksamhet kan arvodet vara en allmän omkostnad. Kostnader för åtgärder som konkursförvaltaren vidtar mot tidigare revisorer och mot tidigare styrelseledamöter för olovlig vinstutdelning är också allmänna omkostnader. Om gäldenärens verksamhet i sin helhet bestått av beskattade transaktioner eller vissa undantagna transaktioner finns avdragsrätt för ingående skatt på sådana allmänna omkostnader. Har verksamheten endast delvis varit en sådan där transaktionerna medfört avdragsrätt måste en uppdelning av den ingående skatten göras. Avdrag får endast göras för den del av skatten som gäller verksamhet där transaktionerna medför avdragsrätt.
Som allmänna omkostnader räknas däremot inte kostnader som direkt gäller försäljning av olika tillgångar i verksamheten. Avdragsrätten för ingående skatt på sådana kostnader beror normalt på om försäljningen av tillgången beskattas eller inte. Är försäljningen av tillgången skattepliktig finns rätt till avdrag för den ingående skatten. Är försäljningen däremot undantagen från skatteplikt saknas avdragsrätt. Om en del av arvodet gäller åtgärder som direkt går att hänföra till en från skatteplikt undantagen försäljning av en tillgång i verksamheten saknas alltså avdragsrätt för den ingående skatten på denna del. Vissa från skatteplikt undantagna transaktioner, kan dock ändå berättiga till avdrag för ingående skatt. Om tillgångarna ingår i en överlåtelse av hel verksamhet eller del av verksamhet som omfattas av 5 kap. 38 § ML, anses kostnaderna i samband med överlåtelsen vara allmänna omkostnader. Skatteverket belyser avdragsrätten ytterligare i ställningstagandet om rätt till avdrag för ingående skatt på konkursförvaltararvode m.m.
Skatteverket har uttalat att avdragsrätt kvarstår till dess en verksamhet helt har avvecklats. Detta gäller även för den som hyr ut en fastighet med frivillig beskattning (Skatteverkets ställningstagande om rätt till avdrag för ingående skatt vid rivning av byggnad och oljesanering av mark).
Rivning och sanering av en fastighet sker ibland genom ett föreläggande från en kommun som ägaren ska följa. När fastighetsägaren måste vidta dessa åtgärder tar denne inte fastigheten i bruk för annan verksamhet utan åtgärderna blir ett led i att avveckla den tidigare bedrivna verksamheten. Har fastighetsägaren i ett sådant fall använt fastigheten i en verksamhet där transaktionerna medfört avdragsrätt anser Skatteverket att avdragsrätten därför omfattar även mervärdesskatt som gäller kostnader för avslutande av denna genom rivning av byggnaden och sanering av marken. Kostnaderna för detta är konsumerade i den bedrivna verksamheten.
Skatteverket anser att en säljare av en fastighet under vissa förutsättningar har avdragsrätt för ingående skatt för sina ombyggnadskostnader även i det fall denne redan har frånträtt fastigheten.
Skatteverket anser att ett byte av hyresgäst kan jämställas med en övergång till en ny uthyrningsverksamhet i de fall när bytet innebär att en tidigare uthyrning av fastighet med frivillig beskattning ska upphöra. Motsvarande gäller om den tidigare uthyrningen varit undantagen från skatteplikt och den nya uthyrningen kommer att omfattas av frivillig beskattning. En kostnad som uppkommer i samband med övergång till en annan verksamhet kan antingen hänföras till avveckling av den tidigare verksamheten eller till inledandet av en ny verksamhet. Skatteverket anser att inköp av tjänster som gäller ny-, till- eller ombyggnad i samband med byte av hyresgäst i normalfallet ska hänföras till inledandet av en ny uthyrningsverksamhet. Detsamma gäller i regel reparation och underhåll (renoveringsåtgärder) som utförs inför att en ny hyresgäst ska flytta in. Även om renoveringsåtgärderna har föranletts av det slitage fastigheten varit utsatt för under den tidigare uthyrningen, kommer åtgärderna att användas och förbrukas i uthyrningen till nästa hyresgäst.
Rätt till avdrag finns därför inte för ingående skatt för sådana byggåtgärder, om det redan när åtgärderna påbörjas står klart att verksamhetslokalen ska användas för uthyrning som inte omfattas av frivillig beskattning. I undantagsfall kan kostnader för vissa renoveringsåtgärder i samband med byte av hyresgäst anses strikt nödvändiga för att avveckla den tidigare uthyrningsverksamheten. I sådana fall ska kostnaden ha ett direkt och omedelbart samband med den tidigare bedrivna verksamheten. Det kan exempelvis vara fråga om kostnader för åtgärder som rivning och sanering som en fastighetsägare är skyldig att utföra efter ett föreläggande av en kommun eller kostnader för åtgärder som gäller borttagande av specialanpassningar av en verksamhetslokal.
Högsta förvaltningsdomstolen har ansett att det inte finns avdragsrätt för ingående skatt avseende kostnader för reparation och underhåll av en fastighet som har använts för uthyrning som gjorts med frivillig beskattning när fastigheten efter renoveringen skulle användas för uthyrning som inte görs med frivillig beskattning. Högsta förvaltningsdomstolen uttalade att även om kostnader för beräknat underhåll har beaktats vid hyressättningen avseende den uthyrning som omfattades av frivillig beskattning har några förvärv som kommit till användning i den uthyrningsverksamheten inte gjorts (HFD 2020 ref. 44).