Ett ersättningsärende inleds med en ansökan och den ska ha kommit in innan myndigheten avgör ärendet. Om det finns ett ursäktligt misstag kan ansökan prövas även om den kommer in för sent.
Den som vill ansöka om ersättning för kostnader ska göra det hos den myndighet där kostnaderna har uppkommit. Vid t.ex. en begäran om omprövning av Skatteverkets beslut kan sökanden ha kostnader hos Skatteverket för ombud. Ansökan om ersättning ska då göras hos Skatteverket och det är Skatteverket som fattar beslut om eventuell ersättning.
När en dom från förvaltningsrätten eller kammarrätten överklagas till nästa instans kan sökanden ha kostnader för upprättande av överklagandet. Sådana kostnader anses uppkomna i den instans som ska pröva överklagandet. Detta gäller dock inte eventuella kostnader för ett ombuds genomgång av underinstansens dom. De kostnaderna får, i förekommande fall, anses omfattas av eventuell ersättning från underinstansen (RÅ 2009 ref. 27 I).
När Skatteverket med anledning av ett överklagande ändrar sitt beslut så som klaganden begär och överklagandet därmed förfaller får kostnaderna som rör överklagandeärendet i sin helhet anses ha uppkommit i ett ärende hos Skatteverket. I de fallen är det Skatteverket som prövar frågan om ersättning i dess helhet (RÅ 2000 ref. 66).
Om Skatteverket inte alls ändrar det överklagade beslutet är det förvaltningsrättens sak att ta ställning till en ansökan om ersättning som framställts i samband med överklagandet.
Om Skatteverket delvis bifaller det överklagade beslutet ska Skatteverket pröva frågan om ersättning till den del Skatteverket bifallit överklagandet i sak. Skatteverket ska också bifoga en överklagandehänvisning till ersättningsbeslutet. I övriga delar överlämnas även frågan om ersättning till förvaltningsrätten.
I mål om företrädaransvar, bevissäkring, betalningssäkring och skatteflykt är det Skatteverket som är sökande i förvaltningsrätten. Ersättning kan beviljas i ärendet hos Skatteverket oavsett om utredningen leder till att Skatteverket lämnar in en ansökan till förvaltningsrätten eller skriver av ärendet. Om ärendet mynnar ut i att Skatteverket inte lämnar in någon ansökan eller framställning till förvaltningsrätten är det Skatteverket som ska fatta beslut om eventuell ersättning i samband med att Skatteverket skriver av ärendet. Om Skatteverket lämnar in en ansökan eller framställning till förvaltningsrätten så är det förvaltningsrätten som ska fatta beslut om eventuell ersättning i samband med att domstolen avgör målet som ansökan avser.
Ansökan om ersättning ska ha kommit in innan myndigheten avgör ärendet eller målet (43 kap. 6 § SFL).
Om den enskilda under ärendets eller målets gång meddelar Skatteverket eller domstolen sin avsikt att begära ersättning ska beslutande myndighet, innan ärendet är klart för avgörande, ge den enskilda tillfälle att komma in med en kostnadsräkning (RÅ 2002 not. 194).
Kravet på att ansökan ska ha kommit in innan ett ärende avgörs innebär att om en revision inte utmynnar i beskattningsändringar så måste den enskilda komma in med ansökan om ersättning innan revisionsärendet avslutas (jfr 41 kap. 13 § SFL). Om revisionen däremot innebär beskattningsändringar ska ansökan komma in innan Skatteverket meddelar beslut i beskattningsärendet.
Det saknas krav på att ansökan om ersättning ska vara skriftlig. När Skatteverket tar emot en ansökan om ersättning muntligen aktualiseras verkets skyldighet att dokumentera (27 § FL).
En ansökan om ersättning som kommer in för sent ska avvisas om inte något ursäktligt misstag föreligger (se nedan).
Om en ansökan om ersättning för kostnader kommer in för sent, d.v.s. när ärendet eller målet där kostnaderna uppstått är avgjort, får ansökan ändå prövas om förseningen beror på något ursäktligt misstag (43 kap. 7 § SFL).
Det är den som ansöker om ersättning som ska visa att det föreligger ett ursäktligt misstag. Att inte känna till reglerna om ersättning är i sammanhanget inget ursäktligt misstag (RÅ 1998 not. 94). Detsamma gäller villfarelsen att tro att ansökan om ersättning ska ges in till den instans dit målet visats åter. Det är i sig inget ursäktligt misstag (RÅ 2001 not. 105).
Om Skatteverket eller förvaltningsdomstolen däremot uttrycker sig på ett sådant sätt att den enskilda kan tro att myndigheten kommer att höra av sig innan ärendet eller målet avgörs kan det vara ett ursäktligt misstag som gör att ansökan ska prövas, även om den kommer in efter det att myndigheten avgjort ärendet (RÅ 1994 not. 612).
För att Skatteverket ska kunna ta ställning till om en ansökan om ersättning ska beviljas räcker det inte med att sökanden endast uppger ett belopp. En kostnadsräkning ska vara så specificerad att det framgår vilka arbetsåtgärder som har utförts, vem som har utfört dem, hur lång tid varje åtgärd har tagit och vilken timkostnaden är (HFD 2019 ref. 16). Om kostnadsräkningen inte är specificerad så måste en sammantagen skälighetsbedömning göras av hela det utförda arbetet. Detta kan medföra att ersättning inte beviljas för kostnader för åtgärder trots att dessa har varit skäligen påkallade.
Om yrkandet avser flera beskattningsfrågor kan Skatteverket behöva få veta hur kostnaderna fördelar sig mellan dem, särskilt om Skatteverket har för avsikt att helt eller delvis bifalla något av yrkandena.
Även andra tveksamheter kan naturligtvis behöva utredas. I de fall det kan vara aktuellt med ersättning från annat håll, som t.ex. rättsskydd eller rättshjälp, bör Skatteverket, om inte ansökan innehåller någon uppgift om annan typ av ersättning, komplettera utredningen. Om det finns tveksamheter om ifall ärendet avser en ansökan om ersättning för kostnader för ombud, biträde eller annat enligt 43 kap. SFL eller om det i stället gäller ett yrkande om skadestånd måste frågan utredas (jfr JK:s beslut 2007-03-05).
Om en ansökan kommer in för sent och det inte föreligger något ursäktligt misstag ska ansökan om ersättning inte prövas i sak, utan avvisas.
Om ansökan om ersättning återkallas ska ärendet skrivas av från vidare handläggning.
Beslut i ett ersättningsärende ska som huvudregel meddelas samtidigt med avgörandet av det ärende som kostnaderna hänför sig till (jfr 66 kap. 17 § SFL).
Att ett beslut om ersättning meddelas senare än det beslut som ersättningsyrkandet hör till kan t.ex. bero på att ansökan om ersättning på grund av ett ursäktligt misstag kommit in till Skatteverket efter det att verket meddelat beslut i huvudärendet. Det kan också bero på att utredningen i ersättningsärendet helt enkelt måste få ta längre tid och att Skatteverket inte kan avvakta med beslut i huvudärendet.
Vid ansökningar om ersättning behöver Skatteverket normalt inte kommunicera tilltänkta rättsliga grunder när ersättningsärendet är tillräckligt utrett (40 kap. 2 § SFL). Skatteverket har dock en skyldighet att kommunicera när Skatteverket har för avsikt att ompröva ett ersättningsbeslut till nackdel för den som beslutet gäller med stöd av 66 kap. 25 § SFL (40 kap. 2 § SFL). Om ett ersättningsärende tillförs uppgifter från någon annan än den sökande (t.ex. Skatteverket eller ett försäkringsbolag) har Skatteverket en skyldighet att underrätta sökanden om uppgifterna och ge denne tillfälle att yttra sig över dem innan ärendet avgörs (40 kap. 3 § SFL). Skatteverkets kommunikationsskyldighet kan även aktualiseras som ett led i utredningen av ärendet. Detta kan också leda till att ett beslut i ett ersättningsärende meddelas senare än det beslut som ersättningsyrkandet hör till.
Har Skatteverket av förbiseende inte meddelat ett ersättningsbeslut i samband med huvudärendet ska ett ersättningsbeslut, liksom i övriga nu nämnda fall, meddelas så snart det kan ske.
När ett ersättningsbeslut inte meddelas i samband med huvudärendet påverkar det omprövningstiden och överklagandetiden för ersättningsbeslutet.
För att ett beslut om ersättning ska kunna prövas på nytt måste den ärendet gäller begära omprövning eller överklaga det beslutet för sig. Ett tidigare ersättningsbeslut prövas inte automatiskt på nytt bara för att sakfrågan som ersättningsärendet hänför sig till begärts omprövad eller överklagats.
Huvudregeln är att den enskildas omprövnings- och överklagandetid för ersättningsbeslut följer omprövningstiden för den sak som ärendet gäller. Om Skatteverkets beslut om ersättning inte är fattat i samband med beslutet i sak är omprövningstiden och överklagandetiden två månader från den dag då den som beslutet gäller fick del av det (66 kap. 17 § SFL och 67 kap. 18 § SFL).
Skatteverkets möjlighet att ompröva och överklaga beslut om ersättning till fördel för den som beslutet gäller regleras i 66 kap. 19 § SFL och 67 kap. 30 § SFL.
I vissa fall får Skatteverket ompröva ersättningsbeslut till nackdel för den som ärendet gäller (se 66 kap. 25 § SFL). Det allmänna ombudet sköter överklaganden från det allmännas sida av Skatteverkets beslut. Det sker enligt bestämmelserna i 67 kap. 23 § SFL.
Överklagandetiden av förvaltningsrättens eller kammarrättens beslut är två månader från den dag då den som beslutet gäller fick del av det (67 kap. 28 § första stycket SFL). Om förvaltningsrätten eller kammarrätten inte har meddelat beslutet om ersättning i samband med avgörandet av det ärende som kostnaderna hänför sig till är överklagandetiden dock tre veckor från den dag då den som beslutet gäller fick del av det (67 kap. 28 § andra stycket SFL). Om det är Skatteverket eller det allmänna ombudet som överklagar, räknas tiden för överklagande i stället från den dag då beslutet meddelades (67 kap. 28 § tredje stycket SFL). För beslut avseende ersättning som inte har meddelats i samband med avgörandet av det ärende som kostnaderna hänför sig till gäller särskild tid för s.k. anslutningsöverklagande (67 kap. 29 § andra stycket SFL).
Om den som ärendet gäller överklagar ett beslut om ersättning är Skatteverket dennes motpart efter det att handlingarna i målet har överlämnats till förvaltningsrätten. Har det allmänna ombudet överklagat Skatteverkets beslut om ersättning för dock denne det allmännas talan i domstolen. Detsamma gäller om det allmänna ombudet har överklagat beslutet i den fråga som kostnaderna hänför sig till. Då för det allmänna ombudet talan även i ett eventuellt tillhörande mål om ersättning (67 kap. 11 § SFL).