Enligt huvudregeln vid skalbolagsbeskattning ska kapitalvinsten som uppstår efter en avyttring tas upp som överskott av passiv enskild näringsverksamhet.
Kapitalvinster som uppstår för att man avyttrat andelar beskattas normalt i inkomstslaget kapital. Detta gäller dock inte om man avyttrar andelar i ett skalbolag, enligt huvudregeln i 49 a kap. 11 § IL. Då ska i stället kapitalvinsten tas upp som ett överskott av enskild passiv näringsverksamhet. Detsamma gäller i fall där man återköper inkråmet efter en avyttring. Bestämmelsen i 49 a kap. är en stoppregel och gäller oavsett om överlåtaren varit verksam i det sålda bolaget eller inte.
Normalt beskattas all inkomst av enskild näringsverksamhet som en enda näringsverksamhet (14 kap. 12 § IL). Det gäller dock inte för en kapitalvinst som uppstått på grund av avyttring av skalbolag. Den ska tas upp som överskott av passiv näringsverksamhet. En sådan passiv näringsverksamhet räknas som en egen näringsverksamhet (14 kap. 13 a § IL). Därför går det inte att kvitta underskott från en annan näringsverksamhet mot överskottet i denna passiva näringsverksamhet.
På överskottet ska det utgå egenavgifter i form av särskild löneskatt på förvärvsinkomster. Just på grund av att kapitalvinsten ska tas upp som ett överskott av passiv näringsverksamhet, så är det Skatteverkets uppfattning att man inte har rätt att göra schablonavdrag för egenavgifter enligt 16 kap. 29 § andra stycket IL. Däremot har man vid det påföljande beskattningsåret rätt att göra avdrag för debiterade egenavgifter som allmänt avdrag i enlighet med bestämmelserna i 62 kap. 5 § IL.